臨済宗東福寺派、大本山東福寺塔頭。嘉慶元年（1387）九州薩摩藩島津氏久公が、剛中玄柔禅師（東福寺第54世住持）を開山として建立。薩摩藩の菩提寺で氏久公の法名「齢岳玄久即宗院」から寺名とした。創建当時は現在より南に位置していたが、永禄12年（1569）に火災で焼失し、島津義久公が慶長18年（1613）頃再建した。その地は、関白藤原兼実公が晩年営んだ山荘「月輪殿」の跡で、国宝「法然上人絵伝」にも描かれている。寛政11年（1799）発行の「都林泉名勝図絵」にも名園として紹介されている。庭園は現在京都市名勝に指定され、紅葉の美しさと千両の鮮やかさで有名である。
西郷隆盛公と僧月照（京都清水寺の勤皇僧）は、王政復古を志し、新撰組や幕府の追っ手を逃れこの即宗院の採薪亭で幕府転覆の策をめぐらした。西郷隆盛公はその後の苦難を乗り越え、鳥羽伏見の戦い（慶応5年）から勝ち進み勝利を手中にした。戦いの戦死者524霊を弔うためこの即宗院で斎戒沐浴し碑文を書きしたため、明治2年に「東征戦亡の碑」を建立した。また、篤姫が、近衛家の養女となって徳川家へのお興しいれの際、この即宗院に立ち寄ったと言われる。